Công ty Hoa tiêu khu vực V tiền thân là hoa tiêu Hàng hải sông Hậu được thành lập theo quyết định số 897/QĐ/TCCB ngày 16/10/1996 của Cục hàng hải Việt Nam phục trách việc dẫn tàu ra, vào các cảng thuộc sông Hậu. Ngày 19/10/1999 Bộ Giao thông vận tải ra Quyết định số 2866/1999/QĐ-BGTVT thành lập Công ty Hoa tiêu khu vực V trực thuộc Cục Hàng hải Việt Nam, trên cơ sở chuyển từ  hoa tiêu hàng hải Sông Hậu. Ngày 25/6/2010 Bộ Giao thông vận tải ký Quyết định số 1779/QĐ-BGTVT chuyển đổi thành công ty TNHH MTV Hoa tiêu hàng hải khu vực V. Ngày 24/10/2011 Công ty TNHH MTV Hoa tiêu hàng hải khu vực V chuyển về làm đơn vị thành viên Tổng công ty Bảo đảm an toàn hàng hải miền Nam theo Quyết định số 2399/QĐ-BGTVT của Bộ Giao thông vận tải cho đến nay.